Avdelningen för tillämpad psykologi uppstod 1963 i samband med dåvarande indelning i fem olika avdelningar, och hade även det övergripande ansvaret för utbildningsorganisationen. Under denna period var forskning inom klinisk psykologi relativt liten i jämförelse med övriga ämnesområden på institutionen, men ökade successivt under åren som följde.

Åren 1954-1973 publicerades det vid Stockholms universitet 33 stycken artiklar i klinisk psykologi i internationella vetenskapliga tidskrifter, jämfört med 149 stycken åren 1974-2002. I samband med att Carl-Otto Jonsson, ”Cotto”, blev professor och tillförordnad prefekt fick klinisk psykologi en allt större roll. Under denna period växte även dagens sammanhängande psykologutbildning fram.

Inför Carl-Otto Jonssons pensionering tillkom avdelningen för klinisk psykologi, och blev därmed en helt egen avdelning på institutionen. År 1992 utnämndes Lars-Göran Öst till innehavare av en professur i klinisk psykologi, vilken således var den första i sitt slag vid Stockholms universitet. Lars-Göran Öst var professor i klinisk psykologi fram till sin pensionering år 2012.

År 2013 efterträddes Lars-Göran Öst av Per Carlbring som nu är innehavare av en professur i klinisk psykologi, samt föreståndare för avdelningen för klinisk psykologi. Per Carlbring har tidigare varit professor i klinisk psykologi vid Umeå universitet. Idag arbetar ett trettiotal personer på avdelningen för klinisk psykologi med såväl forskning som utbildning på olika nivåer.